研究所下设四个部门：开发部、试产部、检测部、采购部。药品的研制由开发部提出方案，负责新药的研究与试验；试产部根据开发部的要求实行小批量的生产；产品再交由试验部进行分析和试验。在研制开发过程中，我们不但对产品的疗效进行评估，还对产品的生产可行性进行评价，使科研成果尽快转化为社会效益及经济效益。采购部则独立于其他部门，负责原材料的采购。

　　他们长期在外，对于不同时期的中草药进行分类，采购回来交由检测部进行药性的分析并记录在案。先后开发研制了“本色祛白酊”、“黄芪消白饮”等一系列药品。其中“本色祛白酊”于1991年荣获两项国家科技成果奖，1992年获得国家发明专利权，1993年在全国科技成果评选中获得中国爱迪生发明奖、香港首届世界华人医学大会获华陀杯一等奖。

　　研究所除了开发药品之外，还经常与安徽医科大学、安徽中医附院等多家医院进行学术上的交流与研讨。本研究所也委派业务水平高、事业心强的中青年科研人员去深造，以求进一步提高研究所的科研能力，更好的服务于广大患者。